本发明涉及一种鸭病毒性肝炎、鸭呼肠孤病毒病二联灭活疫苗及其制备方法。该疫苗是针对国内水禽疫病中鸭呼肠孤病毒与鸭肝炎病毒混合感染的流行形势，提出了一个有效应对策略，即利用分离到的国内流行毒株鸭呼肠孤病毒17117株和鸭肝炎病毒1型16115株、3型16023株作为疫苗制备用毒株，经过抗原液制备、灭活、浓缩、按照一定比例混合制备而成，该疫苗的应用能做到一次免疫同时有效预防目前流行1型、3型鸭病毒性肝炎和鸭呼肠孤病毒病。