本发明涉及一种燃料电池发动机系统功率加载控制方法、存储介质及车辆，该方法包括以下步骤：S1：获取燃料电池发动机系统（FCS）当前功率P0，以及整车请求目标功率PT；S2：选取参比因素，并获取该参比因素的当前参数，根据当前功率P0，以及参比因素的当前参数，得到该参比因素可允许的燃料电池发动机系统输出的最大功率；S3：对每一参比因素可允许的燃料电池发动机系统输出的最大功率进行比较，选取当前燃料电池发动机系统可输出的最大功率PLMax，可输出的最大功率为多个参比因素对应的最大功率中的最小值；结合参比因素中的PLMax对输出功率的变化进行控制。优点在于：通过增加参比因素的判断，在保证加载速度的同时，延长了燃料电池的使用寿命。