本实用新型公开了一种主动调整姿态的水下荧光显微镜，包括上筒、下筒、中间筒、盖板、防水插头、把手、上储水箱、微型水泵、下储水箱、成像模组和激光模组；中间筒中部部分镂空，镂空部分为样本空间，是照相物镜的成像范围；中间筒中心靠近样本空间的两端设置有透明防水玻璃窗，光线可穿透；上筒和下筒之间通过中间筒连接互通，内测通过密封圈防水，整个腔体保持密封；上储水箱内充满高比重的液体，当需要竖直姿态时，微型水泵将液体压入下储水箱，使下筒重量增加，从而向下转动，整个荧光显微镜变成竖直姿态，如果需要调整成水平姿态，则进行反向操作。本实用新型能够根据需要调整自己的姿态，使采集数据更接近真实场景。