本实用新型公开了一种分布式功能水下荧光显微镜，包括上筒、下筒、中间筒、盖板、防水插头、把手、成像模组和激光模组；成像模组包括相机和照相物镜，安装于上筒内；盖板安装于上筒上端，盖板与上筒的内测通过密封圈防水；防水插头安装于盖板上，防水插头和相机通过数据电源线连接；激光模组包含光纤激光器和驱动器，安装于下筒内；中间筒中部部分镂空，镂空部分为样本空间，是照相物镜的成像范围；中间筒中心靠近样本空间的两端设置有透明防水玻璃窗，光线可穿透；上筒和下筒之间通过中间筒连接互通，内测通过密封圈防水，整个腔体保持密封。本实用新型水下作业深度可以达到500m；无需染色试剂，利用激光激发藻类产生荧光，可以拖曳作业。