本发明公开了直立穗长柱头长穗颈两系不育系的选育方法，属于水稻不育系育种技术领域。本方法以直立穗水稻品种、长柱头水稻品种、长穗颈水稻品种为目标性状提供亲本，以生产上推广面积较大的优异两系不育系为轮回亲本，通过杂交复交及目标性状的筛选等技术方法，将这3种水稻有益的特殊性状基因回交导入到两系不育系轮回亲本中，育成农艺性状、不育期转化温度、不育性与两系不育系轮回亲本高度一致、同时又具有直立穗、长柱头和长穗颈性状的特种两系不育系，用它配制两系杂交稻可提高杂交稻种子生产产量、降低成本和减少污染。