本实用新型属于农用器械设备技术领域，具体涉及一种种子储存装置，包括竖向设置的上壳体和下壳体；扰动机构包括螺杆、两个扰动组件和两个导向杆，螺杆竖向转动连接在储存腔内，两个导向杆分别设在螺杆的两侧，螺杆的两端分别设有方向相反的两段螺纹段，两个扰动组件分别与一段螺纹段螺纹连接，且其两端分别与一个导向杆滑动连接。本实用新型采用扰动机构可间歇式对存储在储存腔内的种子进行扰动疏松作业，辅以进气口连通外部设备对储存腔进行送气换气，起到换热降温的作用，可有效避免因种子长期堆砌而致使内部气流不通而导致发生霉变的情况发生，提高种子质量及其发芽率。