本申请涉及信息安全技术领域，尤其涉及一种多应用设备上自动匹配应用程序的方法及电子设备。该方法中，多应用设备上设置有任意一个用于处理应用程序指令的应用程序，包括：步骤S101，接收应用程序指令；步骤S102，确定应用程序指令对应的协议类型是否为特定协议类型；当确定应用程序指令的协议类型为特定协议类型时，步骤S103，确定应用程序指令对应的指令类型；步骤S104，基于指令类型确定相应的目标应用程序；步骤S105，选择确定的目标应用程序作为多应用设备上当前的应用程序；步骤S106，将应用程序指令发送给多应用设备上当前的应用程序进行处理。本申请中，实现了在多应用设备上自动兼容匹配相应的应用程序来处理任意的应用程序指令，提升了处理效率。