本发明公开一种紧凑型柔性基材磁控溅射镀膜设备及方法，其设备是在真空室内设有分区隔板，真空室内的空间分隔成卷绕区和镀膜区，分区隔板上设有供柔性基材通过用的通孔，柔性基材贯穿于整个真空室中，加热器和离子源设于卷绕区内，磁控溅射装置设于镀膜区内；镀膜区内设有多个单元隔板，将镀膜区内的空间分隔成一个柔性基材输送单元和多个镀膜单元。其方法是分别对真空室内的卷绕区和镀膜区进行抽真空，放卷辊放出的柔性基材先经过卷绕区，在卷绕区内进行离子处理和预加热，再送入镀膜区，由多个镀膜单元依次进行溅射镀膜，最后送至卷绕区，由收卷辊进行收卷。本发明结构紧凑，节约设备成本，同时可有效防止不同工艺阶段的工作气氛相互影响。