本申请关于一种发动机可变气门正时控制方法及控制系统，涉及内燃机配气机构控制技术领域。该方法包括：获取发动机转速数据以及实际喷油量数据；确定气门开启目标角度以及气门关闭目标角度；获取上周期气门加电角度最终值、上周期气门断电角度最终值、上周期气门开启实际角度以及上周期气门关闭实际角度；基于气门开启目标角度、上周期气门加电角度最终值以及上周期气门开启实际角度，确定预设气门加电角度；确定预设气门断电角度；根据预设气门加电角度以及预设气门断电角度发送控制信号。在将上一周期的工作参数作为参考的同时，实现气门加电角度最终值、气门断电角度最终值的独立计算以及误差消除，能够对于发动机可变气门正时提供精准控制。