本发明涉及一种自动编址方法、系统及其主控模块，属于通信控制技术领域，方法包括：当按照串联回路的正方向依次对串联回路上的从控模块进行的自动编址无法完成时，向最后一个从控模块发送脉冲宽度调制信号；该最后一个从控模块根据接收的脉冲宽度调制信号设置自身的编码地址，并按照串联回路的反方向，向下一从控模块发送脉冲宽度调制信号；剩余的每个从控模块均接收来自上一从控模块发送的脉冲宽度调制信号，根据接收的脉冲宽度调制信号设置自身的编码地址。本发明实现了在正向自动编址出现异常时，能够进行反向自动编址，相对现有技术提高了自动编址的有效性。