本发明涉及一种燃料电池车及其热管理系统，该系统包括燃料电池余热利用管路、控制装置、燃料电池冷却管路和用于检测燃料电池温度的第一温度传感器；燃料电池冷却管路上设置有散热装置、第一泵机和第一控制阀；控制装置采样连接第一温度传感器，控制装置控制连接第一泵机和第一控制阀，且控制装置用于根据第一温度传感器检测的燃料电池温度与设定燃料电池保护温度阈值的差值，控制第一控制阀的电压以改变第一控制阀的开度和/或控制第一泵机的电压以改变第一泵机的转速。本发明根据第一温度传感器检测的温度，利用燃料电池冷却管路对燃料电池进行降温，使燃料电池工作在合适的温度范围内，保证了燃料电池的安全。