本发明公开了一种新能源客车用高效辅助制动系统及方法，包括：整车控制器以及与整车控制器分别连接的大功率制动电阻控制模块和大功率制动电阻冷却模块；所述大功率制动电阻控制模块包括：电子制动控制器、制动控制电路、电流反馈回路、制动电阻温度采样回路；所述电子制动控制器与制动控制电路、电流反馈回路和制动电阻温度采样回路分别连接。本发明有益效果：在电池满电的情况下，大功率制动电阻控制模块根据整车控制器发出的指令，消耗动力电池的电量，为电力回馈制动提供充电空间；大功率制动电阻冷却模块保证制动电阻产生的热量得到及时的排除，提高系统可靠性。