本发明属于车用集成控制装置技术领域，具体涉及一种燃料电池车用集成控制装置及过流保护控制方法。具体地控制装置包括控制主板以及均与所述控制主板连接的第一回路和第二回路，所述第一回路用于控制整车上的空调输出及DC/DC配电输出，所述第二回路用于控制整车上其他高压器件配电输出。本发明用于解决传统四合一集成控制装置集成度不高且存在安全隐患和能源浪费的问题。通过与控制主板连接的第一回路和第二回路，满足燃料电池客车在行驶状态和充电状态的配电需求，高度集成化，降低成本，高效省电且安全，同时，通过与CPU连接的油泵温度采集模块和气泵电流采集模块，使得装置整体具有油泵电机过热保护、气泵电机过流保护，可靠省心。