本发明公开了一种电动客车用防控负机械式总电源开关失效的控制系统，包括低压蓄电池、低压蓄电池正极、低压蓄电池负极、保险、小充电机、小充电机正极输出、小充电机负极输出、整车控制器、机械式总电源开关和车身骨架，所述小充电机正极输出通过保险与低压蓄电池正极连接。本发明的有益效果是：本发明通过在机械式总电源开关上设置位置传感器，来采集位置传感器根据机械式总电源开关通断的位置变化输出的反馈信号给整车控制器。整车控制器通过增加信号采集端口以及控制逻辑，来处理该反馈信号从而来控制小充电机的启停。从根本上解决控负总电源开关失效的问题，提高整车安全性和可靠性。本发明具有良好的社会效益，适合推广使用。