本发明一种燃料电池堆温度管理系统，包括燃料电池堆、升温回路以及降温回路；所述升温回路包括依次连接在所述燃料电池堆的出水端与进水端之间的水泵、颗粒过滤器以及电加热器；所述水泵的进水端与所述颗粒过滤器的出水端之间并联设置有水箱以及去离子罐；所述去离子罐靠近所述颗粒过滤器的一端设置有两通电磁阀；所述电加热器与所述颗粒过滤器之间设置有三通电磁阀，所述电加热器通过所述三通电磁阀并联有热交换器；所述降温回路与所述热交换器连接，用于降低所述燃料电池堆的温度；所述燃料电池堆的进水端设置有电导率传感器，所述燃料电池堆的冷却水出口端设置有温度传感器。本发明一种燃料电池温度管理系统去离子效果好、控温效果好。