本发明公开了一种嵌入式多程序通讯方法和系统，所述方法包括如下步骤：建立MQTT服务器和多个MQTT客户端；每一MQTT客户端配置一个应用程序；所述应用程序向所述MQTT服务器发布应用消息；所述MQTT服务器根据所述应用消息中的主题标签向对应的MQTT客户端转发应用消息。应用消息采用是JSON格式数据，所述JSON格式数据内包含消息头、源程序主题名称、目标程序主题名称、帧序号、传输方向、消息内容。本发明可实现多个程序之间通过所述MQTT服务器相互通讯，客户端无需管理服务器通讯信道，可降低资源的占用，可实现多个程序的协同运行。