本发明属于生物疫苗制备技术领域，公开了一种猪瘟病毒E2的核酸‑蛋白复合标记性疫苗，具体公开了Fd片段作为鉴别标签在制备猪瘟病毒亚单位疫苗和/或核酸疫苗中的应用，所述Fd片段的氨基酸序列如SEQ ID NO.3所示。本发明首次将Fd片段作为鉴别标签在制备猪瘟病毒亚单位疫苗和/或核酸疫苗中的应用，该多肽片段不仅能帮助蛋白质正确折叠，增强重组蛋白的免疫活性的功能，而且在免疫后产生的Fd抗体可与弱毒疫苗株免疫或者野毒株感染所产生的抗体区分开，可用于集约化猪场经典猪瘟的预防和净化。