本实用新型公开了一种复合有机微量元素的生产系统，包括沿物料运动方向依次连接的进料装置、反应装置、破碎装置和筛分装置，反应装置为带有真空、搅拌和加热功能的反应釜。本实用新型的复合有机微量元素的生产系统通过将生产工艺中各步骤进行紧密衔接，将复合有机微量元素的生产集成到一个整体系统内部，便于生产过程的PLC控制，可有效提高生产效率、降低劳动强度，还可保证产品指标的稳定均一，改善生产环境。