本申请提供一种噬菌体与益生菌的联合发酵工艺，所述工艺包括：益生菌与噬菌体及噬菌体的宿主菌共发酵，其中，所述益生菌和/或其代谢产物能够杀灭噬菌体宿主菌，并且噬菌体与益生菌错时发酵。本发明将益生菌与噬菌体同时接种，一方面降低了发酵污染几率，此外二者具有错时发酵的性质（噬菌体先发酵至稳定，益生菌在噬菌体发酵高峰结束后再发酵），益生菌或其代谢产物可有效清除发酵液中残留的宿主菌。在保障噬菌体发酵效价的前提下，彻底清除了残留宿主菌。根据不同层次的产品需求，可省去噬菌体发酵液过滤去除宿主菌这一步操作，为噬菌体制剂在细菌性疾病的防治方面的推广应用奠定基础，对保障禽健康、提高养殖经济效益具有重要意义。