本公开涉及一种止咳化痰的发酵中药组合物及其在防治猪呼吸道疾病中的应用，所述组合物是用微生物对含中药原料的培养基进行发酵制备得到的，所述的中药原料是由以下重量份的组分组成：杏仁2～4份、桔梗1～3份、厚朴4～6份，所述微生物为罗伊氏乳杆菌。本公开以特定质量比例的杏仁、桔梗和厚朴作为中药原料，经发明人研究发现，采用特定的乳酸菌进行发酵后得到的发酵中药组合物相比于单纯的水提或醇提等中药制剂，在止咳化痰方面具有优异的疗效，经试验证实，可以更加有效的预防和治疗猪呼吸道疾病。