本实用新型公开了一种小肽分离系统，包括机壳，所述机壳的内部左侧与分离室相固接，所述分离室的外壁安装有两个电加热板，所述分离室的内壁安装有超滤膜，所述机壳的内部右上方通过支架与加压泵相固接，所述加压泵的输出端与分离室相连通，所述机壳的内部右下方设置有推料装置，所述机壳的内部右侧中间设置有拆卸装置。该小肽分离系统，通过手轮、螺杆、螺母、第一连杆、第二连杆和固定块之间的配合，使用者转动手轮，手轮带动螺杆转动，螺杆使螺母向左移动，解决了现有的小肽分离系统中，在活性炭过滤网长时间的使用后，需要进行更换，而对活性炭过滤网的固定采用多个螺栓进行固定，导致拆卸的过程较为繁琐，从而影响分离效率的问题。