本发明涉及一种发酵再生水除盐方法，属于污水处理技术领域，该方法包括沉淀、过滤、湿地处理和电渗析处理四个步骤，该方法首先将处理达标的发酵再生水与无机絮凝剂充分混合，可以提高后续在沉淀池中的沉淀效果，同时，通过合理设置沉淀池的结构，可以进一步提高发酵再生水在沉淀池中的沉淀效果，再利用人工湿地中水生植物根系的代谢作用处理水中有机物及通过填料层吸附水中有机物及无机盐类，使发酵再生水得到进一步净化，最后汇聚于人工湿地中的集水管层后由人工湿地出水口流出，进入电渗析系统，使最终处理的发酵再生水转变为直接用于林土灌溉的水源，从而解决目前制约环保处理发酵再生水已达标却无法直接排放这一难题。