本发明涉及微生物来源化合物的提取工艺，特别涉及截短侧耳素的超临界二氧化碳萃取工艺，包括以下步骤：从截短侧耳素产生菌全发酵液中分离出菌丝体，干燥，粉碎过筛，烘焙至菌丝体总含水量低于5％，得烘焙菌丝体，备用；将所得烘焙菌丝体置超临界萃取釜中，在萃取压力为12～24Mpa、萃取温度为35～55℃、二氧化碳流速为25kg/h的条件下进行超临界二氧化碳萃取，萃取时间为60～100分钟，收集萃取物，即得截短侧耳素；该工艺具有稳定易行，溶剂用量小，提取时间短，产物含杂质少，生产成本低等优点。