本发明公开了一种门禁逻辑控制系统及其控制方法，该方法根据实际门锁的开门逻辑需求，逻辑配置单元对MCU控制单元进行相应的逻辑配置，第一控制器发送第一控制信号，第二控制器发送第二控制信号，检测单元采集第一控制信号及第二控制信号，MCU控制单元根据逻辑配置单元的逻辑配置情况判断是否异常，当判断得出第一控制信号或第二控制信号的状态出现异常时，阻断屏蔽对应异常状态的信号。本发明的逻辑配置单元能够根据需求对MCU控制单元进行逻辑配置，将异常状态的信号阻断屏蔽，以用于防止异常状态信号影响其它正常状态信号的通路，进而有效提升对门锁控制的可靠性，以更好地适应在实际应用场景下的逻辑控制需求。