本发明提供了基于表型术语和变异基因的数据分析装置、介质和设备，通过获取表型术语和变异基因计算疾病表型似然比、疾病基因型似然比和表型基因型复合似然比，及进行分析并输出目标对象的变异基因排序及变异基因排序的关联疾病，能有效量化基因和疾病的关联性，给分析人员评估受检者表型和变异关系提供了更丰富、更多元、更准确的信息，提供可解释性高的推荐理由。