本发明涉及了一种基于行驶轨迹的车辆排查方法、系统及其路侧设备、车载设备、手持终端，该车辆排查方法包括：路侧核查设备从所述车载设备读取所存储的车辆信息及前序标识信息；前序标识信息为在当前时间之前的预设时段内，车载设备经过至少一个路侧标识设备时从所述路侧标识设备获取的标识信息，标识信息至少包含所述路侧标识设备的位置信息、时间信息及安全等级信息；根据所述车辆信息、所述前序标识信息确定所述车辆的行驶轨迹，并对所述行驶轨迹进行分析，以确定所述车辆是否与特定区域相关；发送分析结果。实施本发明的技术方案，不但可大大提高车辆通行效率，提升通行速度，而且也节约了安检人员和车辆用户的安检时间，大大降低了人力成本。