本发明公开了一种黄河灌区盐碱地分根区垂直交替供水系统，包括变频控制柜和垂直交替供水装置，所述垂直交替供水装置的内部安装有控水箱，所述控水箱的前方安装有排水管道，所述排水管道的右侧安装有第一出水口，所述控水箱的上方安装有支架，所述支架的上方安装有无负压供水装置。本发明结构科学合理，操作安全方便，在无负压供水装置的后方安装有垂直供水装置，通过使用垂直供水装置可以实现交替式灌溉，便于及时进行供水灌溉，方便高效；在垂直供水装置的内部安装有增压器，通过使用增压器可以增加供水压力；在垂直供水装置的下方安装有节流器，通过使用节流器可以合理控制水流量，节能环保。