本实用新型涉及分离装置，提供了一种磁性分离装置。所述磁性分离装置，包括：底座、离心管固定板和磁性部；所述底座上设有定位槽；所述离心管固定板固定在底座上，所述离心管固定板上设有用于放置离心管的管孔；所述磁性部通过定位槽固定在底座上，并能相对离心管固定板变换位置；所述离心管置于管孔内时，其底部与磁性部贴合。相对于现有技术，本实用新型在保证磁性分离装置能够适用于不同规格的离心管的前提下，大大缩短了离心管底部与磁性部的距离，提高了离心管底部的磁场强度，缩短了实验过程中等待磁分离的时间，磁性材料聚集效果更佳，提高了工作效率。