本发明涉及一种校正测序数据、检测拷贝数变异的方法、设备和介质。该方法包括：计算每一条唯一比对上的读长在参考基因组中的位置和每个位置被测序到的次数；将基因组按照预定长度的窗口进行划分，以便统计每一个窗口内比对上的读长数目；针对每一个窗口内的比对上的读长数目进行GC校正，生成经由窗口层面的GC校正的每个窗口的唯一比对数；基于染色体层面的唯一比对数占比，获得唯一比对数占比调整比例，以便生成经由染色体层面的GC校正的每个窗口的唯一比对数；以及针对经由染色体层面的GC校正的每个窗口的唯一比对数进行归一化，以便获得经由归一化和GC校正的每个窗口的唯一比对数。本发明能显著提高针对高GC含量的区域的校正效果。