本发明涉及一种用于预测待测基因的拷贝数的方法、计算设备和存储介质。该方法包括：获取待测样本的测序序列数据，测序序列数据为经由第三代测序技术而获得的关于待测基因的三代测序序列；基于所获取的测序序列数据，确定关于待测基因的单体型数目和测序深度；以及基于所确定的单体型数目和测序深度，确定关于待测样本的待测基因的拷贝数的预测结果。本发明能够在低成本下，针对重复区域或高度同源基因准确确定基因拷贝数。