本发明涉及排水装置技术领域，具体地说，涉及一种高效防堵的海洋建筑工程排水结构及方法，包括若干组呈线性分布的排水沟以及设置于若干排水沟之间的沉积物清理装置，固定外仓的内部设有收集装置。该高效防堵的海洋建筑工程排水结构及方法，在若干排水沟组成的排水结构的中段位置处分批放置提前预制好的沉积物清理装置，使得排水结构的防堵装置能够与排水沟的施工一同进行，同时使得流入排水沟的下流端口时的杂物能够大量减少，并将中段位置的杂物收集至存储框的内部，确保排水沟能够满足港口等海洋建筑工程的排水需求。