本发明涉及电池检测领域，公开了一种燃料电池的性能检测方法、装置、设备及存储介质，用于提高燃料电池的性能检测准确率。方法包括：对微生物燃料电池进行电极活性测试，得到目标电流数据并获取电极面积数据，进行电极活性计算，生成电极活性变化曲线；进行电解质膜质子传递率测定，生成质子传递率变化曲线；进行电能输出检测，得到输出电能数据并计算能量转换效率变化曲线；进行特征提取，得到多个电极活性特征、多个质子传递率特征以及多个能量转换效率特征；创建多个初始电池性能参数组合；将多个初始电池性能参数组合输入参数组合最优化分析模型进行最优化分析，得到目标电池性能参数组合。