本实用新型公开了一种微型微生物燃料电池，包括电池主体，所述电池主体由阴极硅晶片、第一疏水板、质子交换膜、第二疏水板、阳极硅晶片依次贴合组成，所述第一疏水板与所述第二疏水板设为空心结构，所述质子交换膜与所述阴极硅晶片可将第一疏水板的空心结构围合形成阴极室，所述质子交换膜与阳极硅晶片可将第二疏水板的空心结构围合形成阳极室，所述第一疏水板的侧面设有第一微管，所述第二疏水板的侧面设有第二微管，所述电池主体连接外部电路，该电池可以通过降低阴极阳极接触的电阻，有效地提高输出电压。