本发明提供一种驾驶舱门的门禁系统及其控制方法，和飞行器，驾驶舱门的门禁系统包括：门禁控制面板用于在飞行员离座时，输出通过飞行员控制的飞行员离位信号或在位信号；或输出通过飞行员控制的驾驶舱门锁死信号或驾驶舱门未锁死信号；密码器用于在接收到飞行员输入的保密信息后，与预存的开门信息比对后，输出该保密信息的正确信号或该保密信息的错误信号；逻辑控制器用于在双飞行员在座，并接收到异常开门信号时，根据是否接收到驾驶舱门锁死信号和飞行员在位信号，分配门禁最高权限；或用于在单飞行员在座，根据接收到的离座飞行员输入的保密信息的正确信号或保密信息的错误信号，分配门禁最高权限。本发明预防劫机和蓄意坠机事件，保证飞行安全。