本发明涉及一种防水密封膏及其制备方法和应用，防水密封膏包括乳化沥青、阴离子聚合物胶乳、超耐水添加剂、疏水填料和助剂；其中，以所述防水密封膏总质量为100%计，所述乳化沥青的添加量为15%~35%；所述阴离子聚合物胶乳的添加量为20%~45%；所述超耐水添加剂的添加量为1%~10%；所述疏水填料的添加量为20~45%；其中，所述超耐水添加剂为阴离子型聚合物乳液。本发明通过防水密封膏的组分及配比的协同作用，使得防水密封膏具有环保无害、固含量高、耐水性优异、储存稳定性优异、干燥速度快、施工性能优异、施工工序简单、适应建筑构件连接处材料的多样性、复杂性，并确保产品对建筑构件连接处各类材质能有效、长久密封防水的优点。