本实用新型涉及一种复合耐根穿刺改性沥青防水卷材。其技术方案是：胎基增强层位于第一化学耐根穿刺改性沥青层和第二化学耐根穿刺改性沥青层之间，所述的化学物理阻根层位于第二化学耐根穿刺改性沥青层的上表面，所述的搭接边防护层位于第二化学耐根穿刺改性沥青层上表面的左右任一侧边处；所述的防护层位于第一化学耐根穿刺改性沥青层的下表面。有益效果是：本实用新型在满足基本防水功能基础上，兼具化学和物理双重阻根特性，还具有成本低、耐老化性能高、尺寸稳定性好、抗拉强度高等特点；本实用新型可满足重型种植屋面绿化工程的耐植物根穿刺性能要求，从而确保了重型种植屋面防水系统的可靠性，具有显著的经济和社会效益。