本发明提供了一种使用RDF下的水泥烧成系统高温风机控制方法及系统，具体包括：计算稳态时使用燃煤及替代燃料的理论废气量，并依据理论废气量及窑热工公式计算得到O2、CO不同浓度工况时的热耗矩阵表；设定预热器的旋风筒C1出口以及窑尾烟室的O2和CO期望浓度区间；采集O2和CO数据并进行处理，并对水泥烧成系统燃烧状态是否合理进行判断；根据预热器的旋风筒C1出口以及窑尾烟室的O2和CO浓度情况，进行专家规则下的风机间歇式增量控制；根据小时级CO平均浓度，结合热耗矩阵表优化调整O2和CO期望浓度区间。本发明有益效果：调整高温风机转速及优化设置O2和CO期望浓度区间，实现大规模使用替代燃料下的水泥烧成系统高温风机控制，降低了窑系统能耗。