一种适用于小型闸门的电机驱动结构，所述小型闸门的门扇的近轴端通过门轴与门柱作活动连接，所述电机驱动结构设置在门柱的顶部，所述电机驱动结构包括与小型闸门处于同一垂直面的水平设置在门柱的顶部的横置电机，横置电机的输出轴与门轴互相垂直，横置电机输出轴所固定连接的主动伞齿轮与门轴所固定连接的从动伞齿轮互相齿合，主动伞齿轮与从动伞齿轮为减速齿轮组合。本实用新型能满足小型闸门的开合驱动需求，结构小巧且所占用的竖向高度小，有利于门扇高度的最大化，且与小型闸门融为一体使整体造型美观，同时具有容错功能，在受到外力强行推门时也不会损坏，确保产品的耐用性。