本实用新型涉及中草药筛选技术领域，具体公开了蛹虫草菌种多级筛选装置，包括；外腔体，所述外腔体的内侧安装有两个呈堆叠设置的筛选框，且从大到小依次设置，所述外腔体的中部安装有旋转筒，所述旋转筒的外侧设置有传动组件；本实用新型通过一个设置的旋转筒与两个堆叠设置的筛选框，即可在旋转筒旋转时，让内部填充的蛹虫草进行筛选，同时设置的两个堆叠设置的筛选框，利用筛选孔径的区别实现多级筛选的需要，满足使用时，对不同植株尺寸的筛选需要，同时两个筛选框均采用滑动连接的方式与外腔体连接，因此在筛选结束之后，可以方便的将其取出，满足使用的需要。