本实用新型涉及生物发酵设备领域，具体涉及一种发酵移种分配系统。一种发酵移种分配系统，包括种子罐、发酵罐，其特征在于：还包括分配站，所述分配站包括分配管道、种子罐控制阀、发酵罐控制阀，还包括与所述分配管道相连的CIP清洗系统和蒸汽系统。本实用新型提供一种发酵移种分配系统，可以同时实现发酵生产的“移种”、补料并简化操作，提高效率，节约生产成本。提高杀菌消毒效果，有效避免移种过程或补料过程造成的菌液交叉污染，降低发酵罐染菌率。