本发明提供一种用于预防新生儿母乳性黄疸的组合物及其制备方法和应用，属于药物制剂技术领域。所述组合物由以下重量份数的原料药组成：黄芪35～45份、熟地黄25～35份、瞿麦35～45份、党参35～45份、白芍25～35份、柴胡25～35份、当归35～45份、川芎25～35份和鹿角霜15～25份。本发明通过优选组合多味天然中药，同时优化产品制备工艺，使得本发明的药物组合物能够适于孕妇生产前服用，进而用于预防新生儿黄疸。同时，本发明优选制成微丸剂型，采用本发明制备方法制备得到的微丸，其质量稳定，临床用药安全、有效。具有良好实际应用之价值和工业化应用之前景。