本实用新型公开了一种菌种发酵系统，包括发酵桶、预稀释桶、供水系统、控制系统和闪蒸装置。其中，发酵桶内设置有搅拌装置；预稀释桶通过第一供液管道与发酵桶的进料口连通；供水系统包括第一供水系统和第二供水系统；控制系统包括第一控制器和第一温度感应器，第一温度感应器用于感应第一供液管道的温度，第一温度感应器的输出端与第一控制器的输入端电连接，第一控制器的输出端与第一加热装置电连接；供气系统包括高温高压蒸汽管道和设置于高温高压蒸汽管道上的供气阀；第二供液管道的一端与发酵桶的出料口连通，第二供液管道的另一端与高温高压蒸汽管道连通。相比于现有技术，本实用新型具有灭菌效果好、发酵效果好、结构简单的特点。