本发明提供一种钢结构水性防腐涂料，包括A组分和B组分，所述A组分和B组分的质量比为1：（1.2~1.5）；所述A组分包括高模数硅酸盐溶液和辅助添加剂，所述高模数硅酸盐溶液的模数为3.8~4.5；所述B组分由100~110重量份锌粉、100~150重量份玻化微珠、25~30重量份硅烷偶联剂、600~650重量份无水乙醇、150~180重量份水和0.5~1份草酸制成。本发明所述水性防腐涂料与经表面处理等级达到Sa2.5的钢结构基层表面的附着力强，涂料固化后漆膜整体平整无气孔，而且本身价格低廉易得的玻化微珠可进一步增强所述水性防腐涂料的防火保温性能。本发明还提供一种钢结构水性防腐涂料的制备方法。