本发明涉及一种菊花枸杞子破壁组合物及其制备方法和应用。所述破壁组合物由如下重量份数的组分经破壁，冷冻干法制粒制备而成：菊花1～10份，枸杞子1～12份，所述破壁组合物的颗粒粒径为20～80目。本发明提供的破壁组合物选用临床中常用于预防和改善视疲劳等症的枸杞子配菊花，具有补益肝肾、明目之效，适用于肝肾阴虚、肝阳上亢等原因引起的视物昏花症。另外，该破壁组合物还对复发性口疮有一定的预防和治疗作用，能缓解口疮症状，延长复发时间。本发明提供的制备方法通过冷冻干法制粒等特殊工艺成功制备出完全不破坏原有成分的特定粒度的破壁组合物颗粒，工艺简单易行、成本较低、有效成分含量高，适于工业化生产和应用，市场前景好。