本实用新型公开了一种香菇的微波杀菌机构，属于香菇处理机械领域，包括微波杀菌箱，在微波杀菌箱内设有微波杀菌机，微波杀菌箱的底部设有贯穿其两侧的传送带，传送带的下方设有支撑架，支撑架上设有多个传动滚轴，传动滚轴内设有加热管，传动滚轴与支撑架上的霍尔电机连接，支撑架上设有控制所述霍尔电机转速的霍尔控制箱，在霍尔控制箱内设有与所述霍尔电机连接的控制器、与控制器连接的第一霍尔行程板和第二霍尔行程板、以及与第一霍尔行程板配合可滑动在其上的第一滑动开关、与第二霍尔行程板配合可滑动在其上的第二滑动开关。控制器控制霍尔电机的转速以及微波杀菌机的杀菌强度，从而达到控制进入到微波杀菌箱内香菇的杀菌时间以及杀菌强度的目的，使用方便，设计合理。