本发明公开了一种基于超声的酱油二次沉淀去除方法，属于调味品加工技术领域。以米曲霉或者酱油曲霉为发酵菌种，以麸皮为原料制备种曲；以大豆/豆粕/小麦/麸皮润水、蒸煮和冷却后接种麸皮种曲制备大曲。大曲落罐或池后与盐水充分混合后进行发酵，发酵时视情况进行淋油或翻醅操作。发酵结束后按照常规酱油工艺进行淋油或压榨法取油，生酱油配兑后添加澄清剂并进行搅拌和超声处理以加速澄清剂与生酱油中潜在的沉淀物质和死亡菌体结合、沉淀。本发明方法生产的酱油保存180天后二次沉淀形成量比对照酱油减少50％以上。本发明方法使用的澄清剂符合国家食品添加剂应用要求，应用的超声设备绿色、易操作、应用成本低。因此具有重要的应用价值。