本发明提供了一种低聚果糖的制备方法及其在通便、调节肠道菌群产品中的应用，涉及提取技术领域，该低聚果糖的制备方法具体包括以下步骤：（1）将牛蒡根粉碎后与提取溶剂混合，微波辅助提取，得到预处理液；（2）将预处理液回流提取并减压浓缩，得到粗提液；（3）调节粗提液的pH，使用阳离子交换树脂将粗提液分离，收集滤出液，将滤出液通过超滤膜超滤，收集滤出液，即得。上述制备方法能够高效提取出高含量的低聚果糖，进而将低聚果糖应用于通便、调节肠道菌群产品中。