本发明公开了一种橙黄决明素的制备方法及其在通便保健产品中的应用，所述橙黄决明素的制备方法，包括：（1）将决明子粗粉与溶剂混合，进行微波辅助处理，得到预处理液；（2）将步骤（1）得到的预处理液，加热回流，冷却，过滤，得到混合液；（3）将步骤（2）得到的混合液利用硅胶柱层析，洗脱，收集洗脱液；（4）将步骤（3）得到的洗脱液浓缩，重结晶，得到所述橙黄决明素。本发明的制备方法显著提高了橙黄决明素的收率和纯度。与现有技术相比，本发明的通便保健产品，通过橙黄决明素与番泻叶、茯苓、北沙参和山药等组分的复配，显著减少了番泻叶和决明子的用量，润肠通便效果显著，且安全性更高。