本实用新型公开了一种连续式多功能发酵系统，包括高温粕输送刮板，高温粕输送刮板的出口与粉碎器的入口相连，粉碎器的出口与冷却加湿器的上部进料口相连，冷却加湿器包括叠置的两个冷却层，至少一个冷却层设有加湿口，冷却加湿器的底部出口与接种混合机的入口相连，接种混合机的入口处设有菌液喷淋管，接种混合机的出口与多功能发酵机的发酵进料口相连，多功能发酵机包括位于上层的发酵层和位于下层的烘干层，烘干层的出料口与成品粕出料刮板的入口相连。本连续式多功能发酵系统可以对脱溶后的高温豆粕等物料直接进行发酵，并且直接烘干成为发酵成品物料，省去重复加热、冷却及转运输送成本。