本发明是一种从紫芝废弃物中提取分离色素的方法：将紫芝子实体水提取多糖后的废弃物，经过蒸汽爆破预处理后，用碱醇溶液提取，过滤，调节滤液pH至中性，离心，得到固相即碱溶性色素提取物；液相经纳滤脱盐脱水浓缩，加入乙醇醇溶，离心，得到固相即水溶性色素提取物，液相回收得到醇溶性色素提取物。本方法利用紫芝水提取多糖后的废弃物得到紫芝中三种不同性质的天然色素提取物，成本很低，简单易行，无环境污染，制取的天然色素提取物可用于食品和保健品领域，与灵芝提取物配合可增添产品色泽和风味。